La ciudad está estructurada a partir de grupos arquitectónicos, que no sólo tiene relación con su cronología, sino también con su función urbana, pues existen algunos eminentemente sidenciales, como el Grupo Cobá, en tanto que otros son más bien de función ceremonial y funeraria, como el Grupo Macanxoc. Actualmente se encuentran abiertos a la visita, el Grupo Cobá (que de hecho inicia el recorrido), en donde puede apreciarse un notable templo de casi 25 metros de altura, perteneciente al clásico temprano, y conocido localmente como la Iglesia, así como un complejo conjunto de edificios palaciegos y residenciales que son una excelente muestra del enorme tamaño e importancia que habría tenido la ciudad en su tiempo. La visita a este grupo se complementa con el juego de pelota, en donde pueden observarse algunas representaciones ce cautivos pertenecientes al periodo 600 900 d.n.e., así como un basamento ornamentado con representaciones de cráneos humanos y algunas inscripciones jeroglíficas en los peraltes de la escalera.

Continuando el recorrido, que permite ver el inicio del Sacbé 1, que comunica al sitio con el de Yaxuna, puede llegarse al Grupo Nohoch Mul, en donde se encuentra uno de los edificios más altos de toda el área maya, conocido precisamente con el nombre de Nohoch Mul ("Gran Montículo" en maya), que es un enorme basamento de más de 30 metros de altura, sobre el cual se conserva un templo perteneciente a una etapa constructiva posterior, y que produce una altura total de 42 metros. El Nohoch Mul fue construido durante el clásico temprano (200 - 600 d.n.e.), seguramente para conmemorar el poder sagrado de los gobernantes de Cobá y para servir como última morada para algunos de los miembros de ese linaje gobernante; seguramente por su importancia política y simbólica, al edificio le fueron adosados diversos elementos constructivos, el último de los cuales es le templo que se conserva en la porción superior del basamento, el cual corresponde al estilo arquitectónico costa oriental, perteneciente al periodo 1200 -1550 d.n.e. Además de esta notable edificación, en el Grupo Nohoch Mul existe una construcción de volumen aún mayor; se trata de la Gran Plataforma, un edificio de casi 30 metros de altura y 100 por 25 metros de lado, que lo convierten en el basamento de mayor volumen en todo el noreste de la Península de Yucatán.

Aunque desafortunadamente no ha sido explorado, es interesante observar sus impresionantes dimensiones, que posiblemente correspondan a una obra inconclusa, ya que no se han encontrado restos de ninguna construcción en su porción superior.